L’évaluation du bien-être est basée sur une approche comparative. Elle nécessite en effet des valeurs de référence afin de savoir si ce que nous observons est « normal » pour un animal d’une espèce en particulier. Elle nécessite également de faire un état des lieux pour pouvoir ensuite s’assurer de l’efficacité de mesures mises en place sur l’état de bien-être des animaux. Deux niveaux de références vont donc être utilisés pour l’approche comparative :

L’objectif de ce premier niveau de comparaison est de savoir si l’individu présente une physiologie.) et un comportement qui sont propres à son espèce. Les études scientifiques, notamment en milieu naturel, ont permis de définir des valeurs standards des paramètres physiologiques (ex : taux hormonaux, bilan sanguin, poids, etc.) ainsi que le répertoire comportemental et le budget-temps (temps passé à se nourrir, à se déplacer, à jouer, à se reposer, etc.) d’une vaste majorité d’espèces qui peuvent aujourd’hui servir comme valeurs de référence pour les animaux en captivité. Par exemple, des comportements observés en milieu captif mais absent du milieu naturel (ex : stéréotypies) ou dans une fréquence significativement différente (ex : repos/inactivité) sont des indicateurs d’un environnement inadéquat et d’un état de bien-être potentiellement dégradé.

L’objectif du second niveau de comparaison est de savoir si un changement est mesuré en comparaison avec les évaluations précédentes. Il peut s’agir de changements comportementaux (ex : l’animal passe plus de temps à dormir et moins de temps à faire sa toilette) ou physiques (ex : une prise de poids). Ce niveau de comparaison permet de savoir si l’état de l’animal se modifie au cours du temps, et donc d’évaluer de l’efficacité des mesures éventuellement mises en place pour garantir le bien-être de l’individu.

L’aspect multifactoriel du bien-être animal rend très complexe son évaluation et son suivi. Par conséquent et depuis plus de 50 ans, les scientifiques se sont attelés à créer différents modèles permettant de synthétiser et clarifier les différents facteurs pouvant influencer l’état de bien-être de l’animal. Plusieurs protocoles ont été développés afin d’apporter des mesures individuelles, objectives et quantifiées, du bien-être des animaux hébergés en captivité. Puisqu’il s’agit d’un état mental et que celui-ci ne peut être directement mesuré, ces protocoles utilisent :

• Des mesures liées à l’animals
• Des mesures liées à l’environnement dans lequel l’animal se trouve

Le projet européen Welfare Quality® a pour objectif de répondre à une préoccupation sociétale croissante concernant le bien-être des animaux d'élevage (Veissier et al., 2010). Cette préoccupation appelle des systèmes d'évaluation permettant aux producteurs de se faire une idée du niveau de bien-être qu'ils assurent aux animaux dont ils ont la charge et aux consommateurs de se faire une idée du bien-être des animaux dont ils achètent les produits. Développé à partir de 2009, le protocole d’évaluation Welfare Quality® s’inspire du modèle des 5 domaines et s’articule autour de quatre grands principes formulés de manière à communiquer une question clé en matière de bien-être : une bonne alimentation, un bon logement, une bonne santé et un comportement approprié. Ils correspondent aux questions suivantes : Les animaux sont-ils correctement nourris et abreuvés ? Les animaux sont-ils logés correctement ? Les animaux sont-ils en bonne santé ? Le comportement des animaux reflète-t-il des états émotionnels positifs ?